Die Forschungszulage wird nicht direkt ausgezahlt, sondern auf die Ertragsteuern des laufenden Geschäftsjahres angerechnet, was zu einer Reduktion der Steuerlast führt. 

In Fällen, wo negative Einkünfte vorliegen oder die Forschungszulage die zu zahlenden Steuern übersteigt, wird der überschüssige Betrag im Zuge der steuerlichen Veranlagung erstattet. Das bedeutet, dass die finanzielle Unterstützung für Forschungs- oder Entwicklungsprojekte nicht unmittelbar bei der Genehmigung durch das Finanzamt erfolgt, sondern erst mit der Veranlagung der Einkommen- oder Körperschaftsteuer wirksam wird.

Wichtig ist also zu wissen, dass auch defizitäre Unternehmen gefördert werden; es ist keine Voraussetzung, dass eine positive Körperschaftsteuerlast vorliegt.